Profile

安水 良明 / Yoshiaki Yasumizu, M.D., Ph.D.

経歴

• 2019年 3月 大阪大学 医学部医学科卒業
• 2019年 3月 大阪大学 MD研究者育成プログラム 修了 (坂口研)
• 2019年 4月 - 2021年 3月 大阪大学医学部附属病院 初期研修医
• 2019年 4月 - 2022年 3月 大阪大学大学院医学系研究科 神経内科学 招聘教員
• 2020年 4月 - 2024年 3月 大阪大学先導的学際研究機構生命医科学融合フロンティア研究部門 若手兼任教員
• 2021年 4月 - 2024年 3月 大阪大学免疫学フロンティア研究センター 実験免疫学 博士課程
• 2021年 4月 - 2024年 3月 大阪大学 卓越大学院プログラム
• 2024年 4月 - 現在 日本学術振興会 海外特別研究員
• 2024年 4月 - 現在 Associate Research Scientist, Yale School of Medicine, Department of Neurology

Publications

• Nose Y, Yasumizu Y, Saito T, Nakamura Y, Jinushi K, Fujikawa K, Momose K, Yamashita K, Tanaka K, Yamamoto K, Makino T, Takahashi T, Ueyama A, Kurokawa Y, Sato E, Ohkura N, Sakaguchi S, Wada H, Eguchi H, Doki Y. PD-1 antibody-bound progenitor-exhausted CD8+ T cells in lymph nodes boost PD-1-blockade anti-tumor immunity in gastrointestinal cancer. Nat Commun. 2026 Apr 8;17(1). doi: 10.1038/s41467-026-70751-2. PMID: 41951588.
• Yasumizu Y. EBV grants B cells a license for immortality in the CNS. Sci Immunol. 2026 Mar 6;11(117):eaeg7147. doi: 10.1126/sciimmunol.aeg7147. PMID: 41790932.
• Yasumizu Y, Kim N, Rivier CA, Moon J, Kojima S, Chen HL, Buitrago-Pocasangre N, Silberfeld A, Quinn E, Vaughn S, Morgan A, Huo S, Sumida TS, Ishigaki K, Longbrake EE, Falcone GJ, Hafler DA. Host Genetic Architecture between Epstein-Barr Virus Activity and Multiple Sclerosis Reveals Shared Pathways. medRxiv. 2025 Dec 15:2025.12.11.25342083. doi: 10.64898/2025.12.11.25342083. PMID: 41445616; PMCID: PMC12723777.
• Takeuchi E, Yasumizu Y (corresponding author), Morita J, Ishikawa M, Ogawa K, Motooka D, Okuzaki D, Nagata M, Ishihara Y, Miyashita Y, Asano Y, Mori K, Morii E, Beck G, Saito Y, Murayama S, Mochizuki H, Nagano S. Single-nucleus multiome shows motor neuron glutamate overactivation in amyotrophic lateral sclerosis. Brain. 2025 Nov 11. doi: 10.1093/brain/awaf426. PMID: 41218062.
• Fukumoto A, Yamanaka T, Yanaizu M, Nakamori M, Hama M, Yasumizu Y, Shiotsu K, Matsumura T, Nutter CA, Kubota T, Fujimura H, Kino Y, Swanson MS, Inoue K, Takahashi MP. Transcriptome alterations underlying metabolic dysfunction and liver disease in myotonic dystrophy type 1. Hum Mol Genet. 2025 Oct 5;34(20):1718-1732. doi: 10.1093/hmg/ddaf124. PMID: 40801161; PMCID: PMC12498282.
• Okuno T, Koizumi N, Yasumizu Y. Pathogenesis of thymoma-associated myasthenia gravis: a narrative review. Mediastinum. 2025;9:26. doi: 10.21037/med-25-28. PMID: 41098393; PMCID: PMC12518592.
• Yasumizu Y, Deerhake ME, Moon J, Buitrago-Pocasangre N, Russo A, Wang H, Zhu B, Seibyl JP, Reddy V, Wang Q, Neish KJ, Spillantini MG, Posner DA, Clatworthy M, Sumida TS, Longbrake EE, Cedarbaum JM, Zhang L, Hafler DA. Myeloid-Driven Inflammation in Prodromal Parkinson’s Disease. bioRxiv. 2026 Apr 14:2025.05.16.654530v2. doi: 10.1101/2025.05.16.654530.
• Harada A, Yasumizu Y, Harada T, Fumoto K, Sato A, Maehara N, Sada R, Matsumoto S, Nishina T, Takeda K, Morii E, Kayama H, Kikuchi A. Hypoxia-induced Wnt5a-secreting fibroblasts promote colon cancer progression. Nat Commun. 2025 Apr 17;16(1):3653. doi: 10.1038/s41467-025-58748-9. PMID: 40246836; PMCID: PMC12006413.
• Wei J, Moon J, Yasumizu Y, Zhang L, Radassi K, Buitrago-Pocasangre N, Deerhake ME, Strauli N, Chen CW, Herman A, Pedotti R, Raposo C, Yim I, Pappalardo J, Longbrake EE, Sumida TS, Axisa PP, Hafler DA. Transcriptomic profiling after B cell depletion reveals central and peripheral immune cell changes in multiple sclerosis. J Clin Invest. 2025 Mar 11;135(11):e182790. doi: 10.1172/JCI182790. PMID: 40067358; PMCID: PMC12126227.
• Yamamura R, Kinoshita M, Yasumizu Y, Yata T, Kihara K, Motooka D, Shiraishi N, Sugiyama Y, Beppu S, Murata H, Koizumi N, Sano I, Koda T, Okuno T, Mochizuki H. Transcriptome signature in the blood of neuromyelitis optica spectrum disorder under steroid tapering. Front Immunol. 2025 Feb 3;16:1508977. doi: 10.3389/fimmu.2025.1508977. PMID: 39963140; PMCID: PMC11830620.
• Yasumizu Y, Hafler DA. Elucidating the role of autoreactive T cells and B cells in autoimmune hepatitis. J Clin Invest. 2025 Jan 16;135(2):e188538. doi: 10.1172/JCI188538. PMID: 39817449; PMCID: PMC11735092.
• Mori S, Kohyama M, Yasumizu Y, Tada A, Tanzawa K, Shishido T, Kishida K, Jin H, Nishide M, Kawada S, Motooka D, Okuzaki D, Naito R, Nakai W, Kanda T, Murata T, Terao C, Ohmura K, Arase N, Kurosaki T, Fujimoto M, Suenaga T, Kumanogoh A, Sakaguchi S, Ogawa Y, Arase H. Neoself-antigens are the primary target for autoreactive T cells in human lupus. Cell. 2024 Oct 17;187(21):6071-6087.e20. doi: 10.1016/j.cell.2024.08.025. Epub 2024 Sep 13. PMID: 39276775.
• Yasumizu Y, Kinoshita M, Zhang MJ, Motooka D, Suzuki K, Nojima S, Koizumi N, Okuzaki D, Funaki S, Shintani Y, Ohkura N, Morii E, Okuno T, Mochizuki H. Spatial transcriptomics elucidates medulla niche supporting germinal center response in myasthenia gravis-associated thymoma. Cell Rep. 2024 Sep 24;43(9):114677. doi: 10.1016/j.celrep.2024.114677. Epub 2024 Aug 23. PMID: 39180749.
• Nakai R, Yokota T, Tokunaga M, Takaishi M, Yokomizo T, Sudo T, Shi H, Yasumizu Y, Okuzaki D, Kokubu C, Tanaka S, Takaoka K, Yamanishi A, Yoshida J, Watanabe H, Kondoh G, Horie K, Hosen N, Sano S, Takeda J. A newly identified gene Ahed plays essential roles in murine haematopoiesis. Nat Commun. 2024 Jun 25;15(1):5090. doi: 10.1038/s41467-024-49252-7. PMID: 38918373; PMCID: PMC11199565.
• Yasumizu Y, Hagiwara M, Umezu Y, Fuji H, Iwaisako K, Asagiri M, Uemoto S, et al. Neural-Net-Based Cell Deconvolution from DNA Methylation Reveals Tumor Microenvironment Associated with Cancer Prognosis. NAR Cancer. 2024;6(2). doi: 10.1093/narcan/zcae022.
• Yasumizu Y, Takeuchi D, Morimoto R, Takeshima Y, Okuno T, Kinoshita M, Morita T, et al. Single-Cell Transcriptome Landscape of Circulating CD4+ T Cell Populations in Autoimmune Diseases. Cell Genomics. 2024. doi: 10.1016/j.xgen.2023.100473. Press: link.
• Macalinao ML, Inoue S, Tsogtsaikhan S, Matsumoto H, Bayarsaikhan G, Jian JY, Kimura K, et al. IL-27 Produced during Acute Malaria Infection Regulates Plasmodium-Specific Memory CD4+ T Cells. EMBO Mol Med. 2023;15(12):e17713. doi: 10.15252/emmm.202317713.
• Yasumizu Y, Ohkura N, Murata H, Kinoshita M, Morii E, Shintani Y, Sakaguchi S, Okuno T, Mochizuki H. Myasthenia gravis-specific aberrant neuromuscular gene expression by medullary thymic epithelial cells in thymoma. Nat Commun. 2022;13:4230. doi: 10.1038/s41467-022-31951-8. Press: link.
• Murata H, Kinoshita M, Yasumizu Y, Motooka D, Beppu S, Shiraishi N, Sugiyama Y, et al. Cell-Free DNA Derived From Neutrophils Triggers Type 1 Interferon Signature in Neuromyelitis Optica Spectrum Disorder. Neurol Neuroimmunol Neuroinflamm. 2022;9(3):e1149. doi: 10.1212/NXI.0000000000001149.
• Kidani Y, Nogami W, Yasumizu Y, Kawashima A, Tanaka A, et al. CCR8-targeted specific depletion of clonally expanded Treg cells in tumor tissues evokes potent tumor immunity with long-lasting memory. Proc Natl Acad Sci U S A. 2022 Feb;119(7):e2114282119. doi: 10.1073/pnas.2114282119.
• Abdelhamid RF, Ogawa K, Beck G, Yasumizu Y, Jinno J, Baba K, Nagai Y, et al. PiRNA/PIWI Protein Complex as Potential Biomarkers in Sporadic Amyotrophic Lateral Sclerosis. Mol Neurobiol. 2021. doi: 10.1007/s12035-021-02686-2.
• Beppu S, Kinoshita M, Wilamowski J, Suenaga T, Yasumizu Y, Ogawa K, Ishikura T, et al. High Cell Surface Expression and Peptide Binding Affinity of HLA-DQA1*05:03, a Susceptible Allele of Neuromyelitis Optica Spectrum Disorders (NMOSD). Sci Rep. 2022;12(1):1-12. doi: 10.1038/s41598-021-04074-1.
• Harada A, Matsumoto S, Yasumizu Y, Akama T, Eguchi H, Kikuchi A. Recruitment of KRAS downstream target ARL4C to membrane protrusions accelerates pancreatic cancer cell invasion. eLife. 2021:e66721. doi: 10.7554/eLife.66721. Press: link.
• Ishikura T, Kinoshita M, Shimizu M, Yasumizu Y, Motooka D, Okuzaki D, Yamashita K, et al. Anti-AQP4 Autoantibodies Promote ATP Release from Astrocytes and Induce Mechanical Pain in Rats. J Neuroinflammation. 2021;18(1):181. doi: 10.1186/s12974-021-02232-w.
• Matsuo Y, Komiya S, Yasumizu Y, Yasuoka Y, Mizushima K, Takagi T, Kryukov K, Fukuda A, Morimoto Y, Naito Y, Okada H, Bono H, Nakagawa S, Hirota K. Full-Length 16S rRNA Gene Amplicon Analysis of Human Gut Microbiota Using MinION Nanopore Sequencing Confers Species-Level Resolution. BMC Microbiol. 2021. doi: 10.1186/s12866-021-02094-5.
• Yasumizu Y, Hara A, Sakaguchi S, Ohkura N. VIRTUS: a pipeline for comprehensive virus analysis from conventional RNA-seq data. Bioinformatics. 2020; btaa859. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa859.
• Shime H, Odanaka M, Tsuiji M, Matoba T, Imai M, Yasumizu Y, Uraki R, Minohara K, Watanabe M, Bonito AJ, Fukuyama H, Ohkura N, Sakaguchi S, Morita A, Yamazaki S. Proenkephalin+ regulatory T cells expanded by ultraviolet B exposure maintain skin homeostasis with a healing function. Proc Natl Acad Sci U S A. 2020;202000372. doi: 10.1073/pnas.2000372117. Press: link.
• Ohkura N, Yasumizu Y (co-first author), Kitagawa Y, Tanaka A, Nakamura Y, Motooka D, Nakamura S, Okada Y, Sakaguchi S. Regulatory T cell-specific epigenomic region variants are a key determinant of susceptibility to common autoimmune diseases. Immunity. 2020;52(6):1119-1132.e4. doi: 10.1016/j.immuni.2020.04.006.
• Yasumizu Y, Sakaue S, Konuma T, Suzuki K, Matsuda K, Murakami Y, Kubo M, Palamara PF, Kamatani Y, Okada Y. Genome-wide natural selection signatures are linked to genetic risk of modern phenotypes in the Japanese population. Mol Biol Evol. 2020. doi: 10.1093/molbev/msaa005. Press: link.

• Sekido Y, Yasumizu Y (co-first author), Nishimura J, Kayama H, Matsuno H, Ogino T, Miyoshi N, Takahashi H, Haraguchi N, Hata T, Matsuda C, Doki Y, Mori M, Takeda K, Ohkura N, Sakaguchi S, Mizushima T. Innate Myeloid Cell Subset-Specific Gene Expression Patterns in the Human Colon are Altered in Crohn’s Disease Patients. Digestion. 2019;99(2):143-158. doi: 10.1159/000490890.

• 安水良明, 大倉永也 「シングルセル解析における実験デザイン」, 「CELLxGENEによるインタラクティブなデータ共有」 実験医学増刊 「実験デザインからわかる　シングルセル研究実践テキスト」 (2024)
• 安水良明 「Chapter9　リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う 〜iDEP − ノーコードでRNA-Seq下流解析」 実験医学別冊 改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ (2023)
• 安水良明 「胸腺腫と重症筋無力症」 病理と臨床 10月号 (2023)
• 安水良明, 大倉永也 「制御性T細胞のシングルセル解析」 炎症と免疫 vol.30 no.6 p486-489 (2022)
• 安水良明 「ブラウザで完結するRNA-seq解析」 「10．iDEP，BioJupies，RaNA-seq ─ ウェブブラウザで完結するRNA-seq解析ツール」 実験医学増刊 vol.40 no.17 バイオDBとウェブツール　ラボで使える最新70選 知る・学ぶ・使う、バイオDX時代の羅針盤 (2022) (link)
• 安水良明, 大倉永也 「シングルセル解析」 皮膚科 vol.2 no.4 p427-432 (2022)
• 安水良明, 小河浩太郎, 望月秀樹 「バイオインフォマティクス」 CLINICAL NEUROSCIENCE vol.39 no.9 p1133-1138 (2021)
• 安水良明, 大倉永也 「制御性T細胞特異的エピゲノムは，自己免疫疾患感受性に強く影響する」臨床免疫・アレルギー科第75巻第3号 p253-258 (2021)
• 安水良明, 大倉永也 「免疫制御,免疫寛容,免疫記憶」 日本医師会雑誌 第149巻・特別号（2） pS61-65 (2020)
• 安水良明, 岡田随象 「大規模ヒトゲノム解析による日本人集団の適応進化の解明」 腎臓内科・泌尿器科 Vol.10 No.6 p566-571 (2019)
• 大田達郎, 石井学, 末竹裕貴, 丹生智也, 山田航輝, 安水良明 「CWL（Common Workflow Language）があれば, DRY解析はもう怖くない」 次世代シーケンサー DRY解析教本 改訂第2版 p331-338 (2019)
• 安水良明, 中村やまみ, 大倉永也 「T細胞におけるシングルセル解析」 実験医学増刊 「シングルセルゲノミクス」 Vol.37 No.20 p3421-3427 (2019)
• 安水良明 「Chapter 1　まずはこれだけ! 解析環境を整える～Mac+Biocondaを中心に」 実験医学別冊 RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ p10-27 (2019) (link)
• 大倉永也、安水良明 「Treg分化におけるエピゲノムの役割」 医学のあゆみ Vol. 268 No. 13 p1030-1035 (2019)
• 安水良明 「Pythonで医学に貢献を」 実験医学 Vol. 37 No. 4 p621 (2019) (link)

受賞等

• SCGJ2022 バイオインフォマティクスハッカソン 最優秀賞
• 2022年度 日本学術振興会 育志賞
• 2021年 12月 第50回 日本免疫学会学術集会 ベストプレゼンテーション賞
• 2021年 10月 第33回日本神経免疫学会学術集会 Young Neuroimmunologist Award
• 2021年 3月 大阪大学医学部附属病院 初期研修医奨励賞
• 2020年 12月 ウイルス学若手研究集会2020 優秀発表賞 「VIRTUS:多細胞・一細胞RNA-seqを用いた網羅的ウイルス定量手法」
• 2018年 9月 Kaggle 「Home Credit Default Risk」Silver medal
• 2018年 2月 Bioinformatics Contest 2018（ロシア ITMO 大学主催）18位 入賞
• 2017年 12月 「バイオインフォマティクス技術者認定試験」合格（首席）
• 2017年 12月 「2017 年度世界をリードする次世代 MD 研究者・育成プロジェクト全国リトリート」口頭発表（最優秀口頭発表賞）
• 2017年 7月 第19回 免疫サマースクール 2017 in 湘南 優秀発表賞 「制御性T細胞特異的エピゲノムと自己免疫疾患との関連」
• 2017年 3月 国立台湾大学交流会（Excellent Presentation Award）

Grants and Funding

• 2026-2028 Robert E. Leet and Clara Guthrie Patterson Trust Mentored Research Award, Bank of America. “Mechanistic Dissection of B Cell Subsets in Multiple Sclerosis through Single-Cell Transcriptomics and Repertoire Profiling.” Role: PI.
• 2025 Breakthrough T1D, the Lupus Research Alliance, and the National Multiple Sclerosis Society, Common Mechanisms of Autoimmunity. “Understanding Role of B cells in the pathogenesis of Type 1 Diabetes and Multiple Sclerosis.” Role: PI.
• 2025-2026 The Michael J. Fox Foundation. “Integrative Single-Cell and Enhancer Profiling of CSF Immune Cells in Parkinson’s Disease.” Role: PI.
• 2024-2026 JSPS Overseas Research Fellowship, Japan Society for the Promotion of Science. “Deciphering the Immunological Landscape of Multiple Sclerosis in the Central Nervous System.”
• 2020-2022 Osaka University. “Pathophysiology and therapeutic development of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) centered on endogenous retroviruses (ERVs).” Role: PI.

発表

• 2026年 FOCIS Annual Meeting 口頭発表 “Understanding Role of B cells in the Pathogenesis of Type 1 Diabetes and Multiple Sclerosis”
• 2026年 AAI IMMUNOLOGY2026
• 2025年 Race to Erase MS Symposium
• 2025年 15th MGFA International Conference on Myasthenia and Related Disorders
• 2022年 12月 ブラウザで完結するRNA-seqデータ解析（AJACSオンライン14） https://biosciencedbc.jp/event/ajacs/ajacs95.html
• 2022年 10月 NGS EXPO 2022 口頭発表「【厳選】トランスクリプトーム解析 (バルク~シングルセル)」、ポスター発表「P04: シングルセル解析で細胞クラスタリングは正解なのか？」、座長「Session 5: 大規模データ・自動化」
• 2022年 8月 Nagoya Neurology Summer School 「医学ｘ情報学研究の魅力」
• 2022年 5月 第63回 日本神経学会学術大会 シンポジウム 未来を切り開く脳神経科学の新技術 「Bioinformaticsで遺伝要因から環境要因まで」
• 日本神経学会主催 産官学教育研修会 「脳神経内科医のためのバイオインフォマティクス・ハンズオン 2021」 企画、ハンズオン、講演 https://www.neurology-jp.org/news/pdf/news_20211202_01_01.pdf
• 2021年 9月 「Single-cell 2021 Osaka Online seminar」 「シングルセル実験の基礎的なデータ解析から応用展開まで」 https://www2.aeplan.co.jp/singlecell2021_osaka/profile.html#CV03
• 2020年 9月 「第二回全国医療AIコンテスト 2020」 「Bioinformaticsで疾患の遺伝要因と環境要因を明らかにする」
• 2019年 12月 「第48回日本免疫学会学術集会」 口頭発表 「Single-cell transcriptomic atlas of thymic Treg development」
• 2019年 10月 「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」読書会 @大阪」(slides)
• 2019年 7月 「阪医Python会もくもく会」
• 2019年 6月 「大阪大学微生物病研究所 × 阪医Python会 合同ワークショップ」
• 2019年 5月 「第60回日本神経学会学術大会」一般演題優秀口演賞セッション（臨床部門）「Multi-omics analysis reveals myasthenia gravis specific neuronal molecular regulation patterns」
• 2018年 10月 生命科学フロンティアミーティング口頭発表
• 2018年 12月 第1回バイオインフォマティクス可視化セミナーLT
• 2018年 4月 「The 36th IFReC Colloquium」発表
• 2018年 4月 「Dr. Bono の生命科学データ解析-読書会 @大阪」 関西医科大学広田教授と共同主催
• 2017年 12月 「第46回日本免疫学会学術集会」口頭発表「Significance of the regulatory T cell-specific epigenetics in autoimmune disease susceptibility」
• 2017年 5月 「第五回 NGS 現場の会」 ポスター発表

Software

• VIRTUS: a pipeline for comprehensive virus analysis from conventional RNA-seq data. Manuscript in preparation. [github]

• Hiraoka Y, Yamada K, Kawasaki Y, Hirose H, Matsumoto Y, Ishikawa K, Yasumizu Y. ikra: RNA-seq pipeline centered on Salmon. Zenodo. 2019 Jul 27. doi: 10.5281/zenodo.3352573. [github]

その他

• 2019年 3月 DBCLSインターン (坊農先生)
• 2018年 3月 Bonn 大学（ドイツ）Genomics and Immunoregulation 教室（J. Schultze Lab）インターン
• 2018年 2月 大阪大学医学部医学系研究科 遺伝統計学教室 (岡田研) インターン
• 2017年 4月 阪医Python会 設立 (link)
• 2017年 4月 - 2018年 3月 AIMS -AIメディカル研究会- 幹部 (link)

学会

• 日本神経免疫学会 (2021年 -)
• 日本神経学会 (2019年 -)
• 日本免疫学会 (2018年 -)

Peer Review

• Nature, Annals of Neurology, Journal of Clinical Investigation, iScience, Genome Medicine, Frontiers in Neurology, Clinical Immunology, Molecular Neurobiology, Mediastinum