Profile

安水 良明 / Yoshiaki Yasumizu, M.D., Ph.D.

経歴

• 2019年 3月 大阪大学 医学部医学科卒業
• 2019年 3月 大阪大学 MD研究者育成プログラム 修了 (坂口研)
• 2019年 4月 - 2021年 3月大阪大学医学部附属病院 初期研修医
• 2019年 4月 - 2022年 3月 大阪大学大学院医学系研究科 神経内科学 招聘教員
• 2020年 4月 - 2024年 3月 大阪大学先導的学際研究機構生命医科学融合フロンティア研究部門 若手兼任教員
• 2021年 4月 - 2024年 3月 大阪大学免疫学フロンティア研究センター 実験免疫学 博士課程
• 2021年 4月 - 2024年 3月 大阪大学 卓越大学院プログラム
• 2024年 4月 - 日本学術振興会 海外特別研究員
• 2024年 4月 - Associate Research Scientist, Yale School of Medicine, Department of Neurology

Publications

• Yasumizu, Yoshiaki, Masaki Hagiwara, Yuto Umezu, Hiroaki Fuji, Keiko Iwaisako, Masataka Asagiri, Shinji Uemoto, et al. 2024. “Neural-Net-Based Cell Deconvolution from DNA Methylation Reveals Tumor Microenvironment Associated with Cancer Prognosis.” NAR Cancer 6 (2). https://doi.org/10.1093/narcan/zcae022.
• Wei Jessica, Jeonghyeon Moon, Yoshiaki Yasumizu, Le Zhang, …, Tomokazu S. Sumida, Pierre-Paul Axisa, David A. Hafler. Systematic Analysis of Immune Changes after B-Cell Depletion in Autoimmune Multiple Sclerosis. bioRxiv (2024). https://doi.org/10.1101/2024.02.07.576204.
• Yoshiaki Yasumizu (co-correspondance), Makoto Kinoshita, Martin Jinye Zhang, Daisuke Motooka, Koichiro Suzuki, Daisuke Okuzaki, Satoshi Nojima, et al. 2024. Spatial Transcriptomics Elucidates Medulla Niche Supporting Germinal Center Response in Myasthenia Gravis Thymoma. bioRxiv (2024). https://doi.org/10.1101/2024.02.05.579042.
• Yasumizu, Yoshiaki, Daiki Takeuchi, Reo Morimoto, Yusuke Takeshima, Tatsusada Okuno, Makoto Kinoshita, Takayoshi Morita, et al. Single-Cell Transcriptome Landscape of Circulating CD4+ T Cell Populations in Autoimmune Diseases. Cell Genomics in Press (2024). https://doi.org/10.1016/j.xgen.2023.100473. プレスリリース Macalinao, Maria Lourdes, Shin-Ichi Inoue, Sanjaadorj Tsogtsaikhan, Hirotaka Matsumoto, Ganchimeg Bayarsaikhan, Jiun-Yu Jian, Kazumi Kimura, et al. 2023. “IL-27 Produced during Acute Malaria Infection Regulates Plasmodium-Specific Memory CD4+ T Cells.” EMBO Molecular Medicine 15 (12): e17713.
• Yoshiaki Yasumizu, Daiki Takeuchi, Reo Morimoto, Yusuke Takeshima, Tatsusada Okuno, Makoto Kinoshita, Takayoshi Morita, Yasuhiro Kato, Min Wang, Daisuke Motooka, Daisuke Okuzaki, Yamami Nakamura, Norihisa Mikami, Masaya Arai, Xuan Zhang, A. Kumanogoh, Hideki Mochizuki, Naganari Ohkura, Shimon Sakaguchi. Single-cell transcriptome landscape of circulating CD4+ T cell populations in human autoimmune diseases. bioRxiv. 2023.05.09.540089; doi: https://doi.org/10.1101/2023.05.09.540089
• Yasumizu Yoshiaki, Ohkura Naganari, Murata Hisash, Kinoshita Makoto … Morii Eiichi, Shintani Yasushi, Sakaguchi Shimon, Okuno Tatsusada, Mochizuki, Hideki Myasthenia gravis-specific aberrant neuromuscular gene expression by medullary thymic epithelial cells in thymoma. Nat. Commun. 13, 4230 (2022). 10.1038/s41467-022-31951-8 プレスリリース
• Murata, Hisashi, Makoto Kinoshita, Yoshiaki Yasumizu, Daisuke Motooka, Shohei Beppu, Naoyuki Shiraishi, Yasuko Sugiyama, et al. 2022. “Cell-Free DNA Derived From Neutrophils Triggers Type 1 Interferon Signature in Neuromyelitis Optica Spectrum Disorder.” Neurology - Neuroimmunology Neuroinflammation 9 (3): e1149. https://doi.org/10.1212/NXI.0000000000001149.
• Yujiro Kidani, Wataru Nogami, Yoshiaki Yasumizu, Atsunari Kawashima, Atsushi Tanaka, Yudai Sonoda, Yumi Tona, Kunitaka Nashiki, Reimi Matsumoto, Masaki Hagiwara, Motonao Osaki, Keiji Dohi, Takayuki Kanazawa, Azumi Ueyama, Mai Yoshikawa, Tetsuya Yoshida, Mitsunobu Matsumoto, Kanji Hojo, Satomi Shinonome, Hiroshi Yoshida, Michinari Hirata, Miya Haruna, Yamami Nakamura, Daisuke Motooka, Daisuke Okuzaki, Yasuko Sugiyama, Makoto Kinoshita, Tatsusada Okuno, Taigo Kato, Koji Hatano, Motohide Uemura, Ryoichi Imamura, Kazunori Yokoi, Atsushi Tanemura, Yasushi Shintani, Tadashi Kimura, Norio Nonomura, Hisashi Wada, Masaki Mori, Yuichiro Doki, Naganari Ohkura, Shimon Sakaguchi. CCR8-targeted specific depletion of clonally expanded Treg cells in tumor tissues evokes potent tumor immunity with long-lasting memory. Proceedings of the National Academy of Sciences Feb 2022, 119 (7) e2114282119; DOI: 10.1073/pnas.2114282119.
• Yoshiaki Yasumizu, Naganari Ohkura, Hisashi Murata, Makoto Kinoshita, Soichiro Funaki, Satoshi Nojima, Kansuke Kido, Masaharu Kohara, Daisuke Motooka, Daisuke Okuzaki, Shuji Suganami, Eriko Takeuchi, Yamami Nakamura, Yusuke Takeshima, Masaya Arai, Satoru Tada, Meinoshin Okumura, Eiichi Morii, Yasushi Shintani, Shimon Sakaguchi, Tatsusada Okuno, Hideki Mochizuki. Myasthenia gravis-specific aberrant neuromuscular gene expression by medullary thymic epithelial cells in thymoma. bioRxiv 2021.12.19.473411; doi: https://doi.org/10.1101/2021.12.19.473411
• Abdelhamid, Rehab F, Kotaro Ogawa, Goichi Beck, Yoshiaki Yasumizu, Jyunki Jinno, Kousuke Baba, Yoshitaka Nagai, et al. 2021. “PiRNA/ PIWI Protein Complex as Potential Biomarkers in Sporadic Amyotrophic Lateral Sclerosis.” Molecular Neurobiology, January. https://doi.org/10.1007/s12035-021-02686-2.
• Beppu, Shohei, Makoto Kinoshita, Jan Wilamowski, Tadahiro Suenaga, Yoshiaki Yasumizu, Kotaro Ogawa, Teruyuki Ishikura, et al. 2022. “High Cell Surface Expression and Peptide Binding Affinity of HLA-DQA1*05:03, a Susceptible Allele of Neuromyelitis Optica Spectrum Disorders (NMOSD).” Scientific Reports 12 (1): 1–12. https://doi.org/10.1038/s41598-021-04074-1.
• Akikazu Harada, Shinji Matsumoto, Yoshiaki Yasumizu, Toshiyuki Akama, Hidetoshi Eguchi, Akira Kikuchi. Recruitment of KRAS downstream target ARL4C to membrane protrusions accelerates pancreatic cancer cell invasion. eLife, (2021), e66721. doi: https://doi.org/10.7554/eLife.66721 プレスリリース
• Ishikura, Teruyuki, Makoto Kinoshita, Mikito Shimizu, Yoshiaki Yasumizu, Daisuke Motooka, Daisuke Okuzaki, Kazuya Yamashita, et al. 2021. “Anti-AQP4 Autoantibodies Promote ATP Release from Astrocytes and Induce Mechanical Pain in Rats.” Journal of Neuroinflammation 18 (1): 181. https://doi.org/10.1186/s12974-021-02232-w.
• Yoshiyuki Matsuo, Shinnosuke Komiya, Yoshiaki Yasumizu, Yuki Yasuoka, Katsura Mizushima, Tomohisa Takagi, Kirill Kryukov, Aisaku Fukuda, Yoshiharu Morimoto, Yuji Naito, Hidetaka Okada, Hidemasa Bono, So Nakagawa, Kiichi Hirota. Full-Length 16S RRNA Gene Amplicon Analysis of Human Gut Microbiota Using MinIONTM Nanopore Sequencing Confers Species-Level Resolution. BMC Microbiology, (2021), 1–13. https://doi.org/10.1101/2020.05.06.078147.
• Yoshiaki Yasumizu, Atsushi Hara, Shimon Sakaguchi, Naganari Ohkura, VIRTUS: a pipeline for comprehensive virus analysis from conventional RNA-seq data, Bioinformatics, (2020), btaa859, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa859
• Hiroaki Shime, Mizuyu Odanaka, Makoto Tsuiji, Takuma Matoba, Masaki Imai, Yoshiaki Yasumizu, Ryuta Uraki, Kiyoshi Minohara, Maiko Watanabe, Anthony John Bonito, Hidehiro Fukuyama, Naganari Ohkura, Shimon Sakaguchi, Akimichi Morita, Sayuri Yamazaki. Proenkephalin + regulatory T cells expanded by ultraviolet B exposure maintain skin homeostasis with a healing function. Proceedings of the National Academy of Sciences. (2020), 202000372. https://doi.org/10.1073/pnas.2000372117 プレスリリース
• Naganari Ohkura, Yoshiaki Yasumizu, Yohko Kitagawa, Atsushi Tanaka, Yamami Nakamura, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Yukinori Okada, Shimon Sakaguchi, Regulatory T cell-specific epigenomic region variants are a key determinant of susceptibility to common autoimmune diseases. Immunity, 52(6), 1119-1132.e4. https://doi.org/10.1016/j.immuni.2020.04.006
• Yoshiaki Yasumizu, Saori Sakaue, Takahiro Konuma, Ken Suzuki, Koichi Matsuda, Yoshinori Murakami, Michiaki Kubo, Pier Francesco Palamara, Yoichiro Kamatani, Yukinori Okada, Genome-wide natural selection signatures are linked to genetic risk of modern phenotypes in the Japanese population. Molecular Biology and Evolution. (2020) https://doi.org/10.1093/molbev/msaa005 プレスリリース
• 安水良明, 大倉永也 「シングルセル解析における実験デザイン」, 「CELLxGENEによるインタラクティブなデータ共有」 実験医学増刊 「実験デザインからわかる　シングルセル研究実践テキスト」 (20２４)
• 安水良明 「Chapter9　リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う 〜iDEP − ノーコードでRNA-Seq下流解析」 実験医学別冊 改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ (2023)
• 安水良明 「胸腺腫と重症筋無力症」 病理と臨床 １０月号 (2023)
• 安水良明, 大倉永也 「制御性T細胞のシングルセル解析」 炎症と免疫 vol.30 no.6 p486-489(2022)
• 安水良明 「ブラウザで完結するRNA-seq解析」 「10．iDEP，BioJupies，RaNA-seq ─ ウェブブラウザで完結するRNA-seq解析ツール」 実験医学増刊 vol.40 no.17 バイオDBとウェブツール　ラボで使える最新70選 知る・学ぶ・使う、バイオDX時代の羅針盤 (2022)(link)
• 安水良明, 大倉永也 「シングルセル解析」 皮膚科 vol.2 no.4 p427-432(2022)
• 安水良明, 小河浩太郎, 望月秀樹 「バイオインフォマティクス」 CLINICAL NEUROSCIENCE vol.39 no.9 p1133-1138(2021)
• 安水良明, 大倉永也 「制御性T細胞特異的エピゲノムは，自己免疫疾患感受性に強く影響する」臨床免疫・アレルギー科第75巻第3号 p253-258 (2021)
• 安水良明, 大倉永也 「免疫制御,免疫寛容,免疫記憶」 日本医師会雑誌 第149巻・特別号（２） pS61-65 (2020)
• 安水良明, 岡田随象 「大規模ヒトゲノム解析による日本人集団の適応進化の解明」 腎臓内科・泌尿器科 Vol.10 No.6 p566-571 (2019)
• 大田達郎, 石井学, 末竹裕貴, 丹生智也, 山田航輝, 安水良明 「CWL（Common Workflow Language）があれば, DRY解析はもう怖くない」 次世代シーケンサー DRY解析教本 改訂第2版 p331-338 (2019)
• 安水良明, 中村やまみ, 大倉永也 「T細胞におけるシングルセル解析」 実験医学増刊 「シングルセルゲノミクス」 Vol.37 No.20 p3421-3427 (2019)
• 安水良明 「Chapter 1　まずはこれだけ! 解析環境を整える～Mac+Biocondaを中心に」 実験医学別冊 RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ p10-27 (2019)(link)
• 大倉永也、安水良明 「Treg分化におけるエピゲノムの役割」 医学のあゆみ Vol. 268 No. 13 p1030-1035 (2019)
• 安水良明 「Pythonで医学に貢献を」 実験医学 Vol. 37 No. 4 p621 (2019) (link)
• Innate Myeloid Cell Subset-Specific Gene Expression Patterns in the Human Colon are Altered in Crohn’s Disease Patients. Digestion (2018). (co-first)

受賞等

• SCGJ2022 バイオインフォマティクスハッカソン 最優秀賞
• 2022年度 日本学術振興会 育志賞
• 2021年 12月 第50回 日本免疫学会学術集会 ベストプレゼンテーション賞
• 2021年 10月 第33回日本神経免疫学会学術集会 Young Neuroimmunologist Award
• 2021年 3月 大阪大学医学部附属病院 初期研修医奨励賞
• 2020年 12月 ウイルス学若手研究集会2020 優秀発表賞 「VIRTUS:多細胞・一細胞RNA-seqを用いた網羅的ウイルス定量手法」
• 2018年 9月 Kaggle 「Home Credit Default Risk」Silver medal
• 2018年 2月 Bioinformatics Contest 2018（ロシア ITMO 大学主催）18位 入賞
• 2017年 12月 「バイオインフォマティクス技術者認定試験」合格（首席）
• 2017年 12月 「2017 年度世界をリードする次世代 MD 研究者・育成プロジェクト全国リトリート」口頭発表（最優秀口頭発表賞）
• 2017年 7月 第19回　免疫サマースクール 2017 in 湘南　優秀発表賞 「制御性T細胞特異的エピゲノムと自己免疫疾患との関連」
• 2017年 3月 国立台湾大学交流会（Excellent Presentation Award）

発表

• 2022年 12月 ブラウザで完結するRNA-seqデータ解析（AJACSオンライン14） https://biosciencedbc.jp/event/ajacs/ajacs95.html
• 2022年 10月 NGS EXPO 2022 口頭発表「【厳選】トランスクリプトーム解析 (バルク~シングルセル)」、ポスター発表「P04: シングルセル解析で細胞クラスタリングは正解なのか？」、座長「Session 5: 大規模データ・自動化」
• 2022年 8月 Nagoya Neurology Summer School 「医学ｘ情報学研究の魅力」
• 2022年 5月 第63回 日本神経学会学術大会 シンポジウム 未来を切り開く脳神経科学の新技術 「Bioinformaticsで遺伝要因から環境要因まで」
• 日本神経学会主催 産官学教育研修会 「脳神経内科医のためのバイオインフォマティクス・ハンズオン 2021」 企画、ハンズオン、講演 https://www.neurology-jp.org/news/pdf/news_20211202_01_01.pdf
• 2021年 9月 「Single-cell 2021 Osaka Online seminar」 「シングルセル実験の基礎的なデータ解析から応用展開まで」 https://www2.aeplan.co.jp/singlecell2021_osaka/profile.html#CV03
• 2020年 9月 「第二回全国医療AIコンテスト 2020」 「Bioinformaticsで疾患の遺伝要因と環境要因を明らかにする」
• 2019年 12月 「第48回日本免疫学会学術集会」　口頭発表 「Single-cell transcriptomic atlas of thymic Treg development」
• 2019年 10月 「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」読書会 @大阪」(slides)
• 2019年 7月 「阪医Python会もくもく会」
• 2019年 6月 「大阪大学微生物病研究所 × 阪医Python会 合同ワークショップ」
• 2019年 5月 「第60回日本神経学会学術大会」一般演題優秀口演賞セッション（臨床部門）「Multi-omics analysis reveals myasthenia gravis specific neuronal molecular regulation patterns」
• 2018年 10月 生命科学フロンティアミーティング口頭発表
• 2018年 12月 第1回バイオインフォマティクス可視化セミナーLT
• 2018年 4月 「The 36th IFReC Colloquium」発表
• 2018年 4月 「Dr. Bono の生命科学データ解析-読書会 @大阪」 関西医科大学広田教授と共同主催
• 2017年 12月 「第46回日本免疫学会学術集会」口頭発表「Significance of the regulatory T cell-specific epigenetics in autoimmune disease susceptibility」
• 2017年 5月 「第五回 NGS 現場の会」　ポスター発表

Softwares

• VIRTUS: a pipeline for comprehensive virus analysis from conventional RNA-seq data. Manuscript in preparation. [github]

• Hiraoka, Yu, Yamada, Kohki, Kawasaki, Yusuke, Hirose, Haruka, Matsumoto, Yasunari, Ishikawa, Kaito, & Yasumizu, Yoshiaki. (2019, July 27). ikra : RNAseq pipeline centered on Salmon. (Version v1.2.1). Zenodo. http://doi.org/10.5281/zenodo.3352573 [github]

その他

• 2019年 3月 DBCLSインターン (坊農先生)
• 2018年 3月 Bonn 大学（ドイツ）Genomics and Immunoregulation 教室（J. Schultze Lab）インターン
• 2018年 2月 大阪大学医学部医学系研究科 遺伝統計学教室 (岡田研) インターン
• 2017年 4月 阪医Python会 設立 (link)
• 2017年 4月 - 2018年 3月 AIMS -AIメディカル研究会- 幹部 (link)

学会

• 日本神経免疫学会 (2021年 -)
• 日本神経学会 (2019年 -)
• 日本免疫学会 (2018年 -)